I filtri a pompa portatili consistono in filtri ceramici che filtrano da 5000 a 50000 litri per cartuccia, rimuovendo le sostanze contaminanti con dimensioni fino a 0,2-0,3 micrometri.[senza fonte] Alcuni utilizzano anche la filtrazione a carboni attivi.
I filtri sono utili contro i batteri e i protozoi, come Cryptosporidium e Giardia lamblia, ma non contro i virus. Infatti i virus hanno delle dimensioni molto minori del diametro dei pori presenti nei filtri, per cui non possono essere bloccati con queste metodologie di tipo meccanico. Per questo è necessaria la disinfezione con delle sostanze chimiche o con i raggi UV dopo la filtrazione. Le sostanze chimiche efficaci includono il cloro, il biossido di cloro, l'ipoclorito di sodio (la varechina) e lo iodio.
Sono stati costruiti dei filtri polimerici e ceramici che comprendevano anche il post-trattamento con lo iodio, ma molti sono scomparsi a causa del fatto che conferivano all'acqua un sapore sgradevole e che l'assunzione dello iodio per periodi protratti può causare danni alla salute.Gli elementi per la filtrazione agiscono in maniera ottimale nell'eliminazione dei batteri e dei funghi dall'acqua quando sono nuovi, ma con il passare del tempo perdono la loro efficacia e possono costituire dei siti di colonizzazione di agenti patogeni.
Negli ultimi anni l'efficacia di alcuni filtri è stata aumentata con l'aggiunta di nanoparticelle di argento all'elemento ceramico e/o al filtro a carboni attivi, al fine di arrestare la proliferazione degli organismi patogeni.
Piccoli filtri ad osmosi inversa azionati a mano erano stati inizialmente progettati per i militari nei tardi anni ottanta, per l'equipaggiamento per la sopravvivenza, per esempio, da includere a dei gommoni gonfiabili sui velivoli. Sono disponibili delle versioni per i civili. In questi dispositivi, per forzare l'acqua attraverso il filtro, la pressione è fornita da una pompa azionata a mano, simile per la funzione e per l'aspetto ad un ingrassatore. Questi dispositivi possono ricavare acqua potabile dall'acqua del mare.
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